1.在种植萱草和百合前，整地、耙地，捡出多年生、恶性杂草的草根，避免这些杂草继续危害。种植两周前，对土地进行浅浇水，促进杂草萌发。
2.一周后杂草萌发出齐时，使用百草枯或草甘膦等灭生性除草剂均匀喷雾进行杀除。该类除草剂和土壤接触8小时即开始钝化失效，对一周后种植百合和萱草无影响。
3.杂草死亡后轻微整地，灭茬待播。
4.百合圃地化学除草。
（1）百合播种后出苗慢，地面裸露期较长，易滋生各类杂草。采用化学除草方法能避免草害发生。在百合播种后杂草萌芽前，可以安全使用的除草剂较多，圃草封、二甲戊灵（施田补、菜草通）、氟乐灵（氟乐灵因致癌在欧洲被禁用）、乙氧氟草醚（果尔）、地乐胺、毒草胺、异丙隆、等均能防除通过种子萌发的多种禾本科杂草及阔叶杂草。这类除草剂叫芽前除草剂，又叫土壤封闭除草剂，对百合安全。使用圃草封+果尔，基本可以防除绝大多数一年生杂草。
（2）在百合苗期，杂草萌芽前所使用的除草剂主要有，圃草封、二甲戊灵（施田补、菜草通）、地乐胺、扑草净、灭草灵、氨磺灵等。
（3）百合地中已经长出的杂草，主要包括四类：一年生禾本科杂草、一年生阔叶杂草、莎草科杂草及多年生宿根杂草。防除禾本科杂草马唐、牛筋草等，使用大杀禾、精奎禾灵、高效盖草能、拿捕净、威霸等均可有效防除，对百合安全。防除莎草科杂草和阔叶杂草，目前基本没有成熟的方法，建议使用圃草净进行试验，观察1个月，若对百合无影响，即可扩大使用面积。圃草净可以防除阔叶杂草和莎草科杂草。防除多年生宿根杂草建议使用草甘膦涂抹，但不能抹到百合上。
6.萱草苗圃化学除草与百合基本相同。